Oddělení aplikované mechaniky hornin se zabývá výzkumem hornin a jejich krátkodobých i dlouhodobých změn v závislosti na endogenních a exogenních činitelích. Jedná se zejména o monitoring a analýzu skalních masivů v závislosti na horninovém složení a jeho vlastnostech, srážkách nebo teplotě. Za tímto účelem využívá kromě přímého sledování v přírodě i plně vybavenou laboratoř mechaniky hornin, umožňující zjišťovat základní i pokročilé fyzikálně-mechanické vlastnosti hornin.